无公害农产品是指使用安全的投入品，按照规定的技术规范生产，产地环境、产品质量符合国家强制性标准并使用特有标志的安全农产品。无公害农产品的定位是保障消费安全、满足公众需求。无公害农产品认证是政府行为，采取逐级行政推动，认证不收费。根据《无公害农产品管理办法》(农业部、国家质检总局第12号令)，原无公害农产品由产地认定和产品认证两个环节组成，产地认定由省级农业行政主管部门组织实施，产品认证由农业部农产品质量安全中心组织实施。
2017年下半年，中共中央办公厅、国务院办公厅出台《关于创新体制机制推进农业绿色发展的意见》，要求建立绿色农业标准体系，强化农产品质量安全认证机构监管和认证过程管控，改革无公害农产品认证制度，加快建立统一的绿色农产品市场准入标准，提升绿色食品、有机农产品和地理标志农产品等认证的公信力和权威性。
根据意见要求和国务院“放管服”改革的精神，农业农村部今年初决定对无公害农产品认证、农产品地理标志登记工作的职责进行调整，并对无公害农产品认证制度进行改革。农业农村部已将协调指导地方开展无公害农产品认证和农产品地理标志评审登记的工作职责由农业农村部农产品质量安全中心划转到由中国绿色食品发展中心承担。还专门发布了《农业农村部办公厅关于做好无公害农产品认证制度改革过渡期间有关工作的通知》，指导改革过渡期间有关工作。通知要求将原无公害农产品产地认定和产品认证工作合二为一，实行产品认定的工作模式，下放由省级农业农村行政部门承担。省级农业农村行政部门及其所属工作机构按《无公害农产品认定暂行办法》负责无公害农产品的认定审核、专家评审、颁发证书和证后监管等工作。农业农村部统一制定无公害农产品的标准规范、检测目录及参数。中国绿色食品发展中心负责无公害农产品的标志式样、证书格式、审核规范、检测机构的统一管理。目前改革还在有序推进中。
此次改革的主要变化，一是审批权限下放，全部权限下放到省工作机构。二是产品产地两证合一，精减审批流程，减少审批时间，由省级统一颁发无公害农产品认定证书。三是申报管理更加严格，申报材料原来一个没少，还增加了不少，而且对逐级申报顺序和申报材料的时间逻辑关系都作出了明确要求。凡符合无公害农产品认定条件的生产企业、农民专业合作社、家庭农场等，可以向所在地县级农产品质量安全工作机构（简称“工作机构”）提出无公害农产品认定申请，并提交申请书及相关材料，认定不收费。
